O que distingue o regime simplificado do regime geral é o facto não existir obrigação de possuir contabilidade organizada no regime simplificado, embora os sujeitos passivos devam possuir alguns livros de registo e cumprir alguns deveres contabilísticos, tais como a passagem de recibos ou facturas e conservá-los durante um período de dez anos.

Não existindo contabilidade organizada, o rendimento tributável é apurado pela aplicação de coeficientes às vendas, prestações de serviços e outros rendimentos, não podendo resultar daí um limite mínimo positivo que, actualmente é de 3.125 euros.

No regime geral, o rendimento tributável é apurado a partir do resultado contabilístico segundo as regras da contabilidade organizada, corrigido de acordo com as regras fiscais, podendo ser positivo, nulo ou negativo.